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化肥的大量投资也导致了有机肥的挤出，使土壤有机质水平达到了令人担忧的水平。有机质代表土壤肥力，微生物农肥公司，与粮食产量呈正相关。由于有机肥投入少、有机质减少，另一个新问题是肥料的收益递减效应。根据数据，1975年，一公斤化肥生产了25公斤谷物。到2008年，这个数字下降到了8到9公斤。石油和棉花的情况也是如此，它们每公斤化肥的产量下降了大约50%。

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